1、注册登录：企业需要先在南京工商年检网上申报系统注册一个账号并登录，通过输入账号和密码完成登录，如果是首次登录，系统可能要求企业提供相关的基本信息和认证材料。
2、填写年度报告信息：登录成功后，企业需要填写年度报告的相关信息，包括企业的基本信息、股东及发起人信息、经营状况、财务状况等内容。
3、上传附件：根据具体情况，企业可能需要上传一些证明文件、财务报表、活动计划等附件，可以通过系统提供的上传功能将附件上传到系统中。
4、提交申报：在完成年度报告信息填写和附件上传后，企业需要点击“提交”按钮将申报信息送达给南京工商局，系统可能会提示企业确认信息是否正确，确认无误后才能提交申报。
5、缴纳年度检查费用：完成申报后，系统会自动计算企业需要缴纳的年度检查费用，企业需要根据系统提供的缴费信息，选择合适的支付方式进行缴费，南京工商年检网上申报系统支持网上支付和线下支付两种方式。
6、系统审核：提交申报后，系统会对企业提交的信息进行审核。
7、年度报告公示：审核通过后，南京工商局会将企业的年度报告信息进行公示，公示期一般为 30 天，公示期间内其他人可以查询并了解企业的年度报告情况。
8、打印年度年检合格证书：公示结束后，企业可以登录系统打印年度年检合格证书。
需要注意的是，企业在使用该系统进行年度报告上报时，需要保证信息的准确性和及时性，按照流程要求完成相关操作，以便顺利通过年度检查。
