1、确定申请单位：排污单位应当是依法实行排污许可管理的企业事业单位和其他生产经营者。
2、选择申请方式：可以通过全国排污许可证管理信息平台提交排污许可证申请表，也可以通过信函等方式提交。
3、准备所需材料：
- 排污单位基本信息：包括名称、住所、法定代表人或者主要负责人、生产经营场所所在地、统一社会信用代码等信息。
- 建设项目环境影响报告书（表）批准文件或者环境影响登记表备案材料。
- 污染物排放种类、浓度和排放量，执行的污染物排放标准和重点污染物排放总量控制指标。
- 污染防治设施、污染物排放口位置和数量、污染物排放方式、排放去向、自行监测方案等信息。
- 主要生产设施、产品及产能、原辅材料、产生和排放污染物环节等信息，及其是否涉及商业秘密等不宜公开情形的情况说明。
- 属于实行排污许可重点管理的，还需在申请前通过全国排污许可证管理信息平台公开基本信息、拟申请许可事项的说明材料。
- 属于城镇和工业污水集中处理设施的，需提供纳污范围、管网布置、最终排放去向等说明材料。
- 属于排放重点污染物的新建、改建、扩建项目以及实施技术改造项目的，需提供通过污染物排放量削减替代获得重点污染物排放总量控制指标的说明材料。
4、提交申请：将准备好的材料提交给生产经营场所所在地设区的市级以上生态环境主管部门。
5、等待审批：审批部门对收到的申请材料进行审查，并可以对排污单位的生产经营场所进行现场核查，对实行排污许可简化管理的排污单位，审批部门应当自受理申请之日起 20 日内作出审批决定；对实行排污许可重点管理的排污单位，审批部门应当自受理申请之日起 30 日内作出审批决定；需要进行现场核查的，应当自受理申请之日起 45 日内作出审批决定。
6、领取排污许可证：对符合条件的颁发排污许可证，不符合条件的不予许可并书面说明理由。
需要注意的是，排污单位有两个以上生产经营场所排放污染物的，应当按照生产经营场所分别申请取得排污许可证，排污许可证有效期为 5 年，排污单位应当于排污许可证有效期届满 60 日前向审批部门提出申请。
