1、清算资料收集：纳税人按照《土地增值税清算需提供的资料清单》准备清算资料，包括《XX省土地增值税清算申报表及附表》《房产工程造价数据采集表》等。
2、组建项目审核组：根据清算计划、任务和清算人才库，从清算人才库选员建立项目审核组，并分配具体清算项目。
3、进行审核：审核组入驻后，按《移交资料清单》移交清算资料，审核组按照分工对项目进行审核，风险检测贯穿全过程，利用大数据指标支撑挖掘潜在疑点，降低执业风险。
4、出具审核报告：审核完成后，形成初步审核报告，与企业交换意见后，针对审核调整问题发出《税务事项通知书（清算审核意见交换）》，进一步修改审核报告，最终形成《清算审核报告》。
5、合议：提交《清算审核工作底稿》、《清算审核报告》，合议后形成最终工作底稿。
6、出具清算结论：形成最终工作底稿、审核报告，核销清算任务。
7、资料归档：按照档案化管理要求，对清算资料进行归档保存。
在进行土地增值税清算时，需要特别注意以下几点：
明确条件：确保符合清算条件，如房地产开发项目全部竣工、完成销售或整体转让未竣工决算房地产开发项目等。
准确核算收入与扣除项目：如实申报转让房地产取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入；准确核算扣除项目金额，如取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本等。
熟悉政策：了解并遵守相关税收法律、法规及土地增值税有关政策规定。
及时办理：对于符合应进行土地增值税清算条件的项目，应在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。
保留证据：在计算增值额时，应保留相关证据备查。
关注特殊情况：注意处理特殊收入情况，如将开发的房产用于职工福利、奖励、对外投资等应视同销售房地产处理。
合规操作：避免采取不合规手段降低税负或规避税收义务。
土地增值税清算是一个复杂且重要的税务处理过程，需要纳税人严格按照规定的流程和注意事项进行操作，以确保清算的准确性和合法性。
