逾期付款违约金的计算涉及合同约定、法律规定以及司法解释等多个层面，以下是对逾期付款违约金计算方法的详细分析：
1、合同约定优先原则：如果合同中已经明确规定了逾期付款违约金的具体数额或计算方法，则应按照约定执行，这是契约自由原则的基本体现，即当事人可以根据自己的意愿和实际情况，在合同中约定违约责任的形式和范围。
2、参照金融机构计收逾期贷款利息的标准：如果合同没有约定逾期付款违约金或者该违约金的计算方法，人民法院可以中国人民银行规定的同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算，对于违约行为发生在2019年8月20日之前的，可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算；对于违约行为发生在2019年8月20日之后的，则可以违约行为发生时中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）标准为基础，加计30%至50%计算逾期付款损失。
3、综合考虑实际损失因素：在确定逾期付款损失时，还应综合考虑违约方履行合同的积极程度、过错程度以及守约方的实际损失等因素，根据公平原则进行合理确定，如果违约方虽然存在逾期付款行为，但已经采取了积极的补救措施，且守约方的实际损失并不大，则可以适当减轻违约方的赔偿责任。
4、法律依据：《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十四条第四款规定：“买卖合同没有约定逾期付款违约金或者该违约金的计算方法，出卖人以买受人违约为由主张赔偿逾期付款损失的，人民法院可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算。”这一规定为逾期付款违约金的计算提供了明确的法律依据。
逾期付款违约金的计算应根据合同约定、法律规定及司法解释进行，在合同没有明确约定的情况下，人民法院将参照金融机构计收逾期贷款利息的标准并综合考虑实际损失等因素进行合理确定，需要注意的是，逾期付款违约金与逾期付款损失虽然都是因逾期付款而产生的经济补偿，但在性质上有所不同。
