标准工作时间制度和综合计算工时制度在计算周期、适用条件以及灵活性与限制上存在明显差异，具体分析如下：
1、计算周期：标准工作时间制度以每天工作8小时、每周工作40小时为标准，适用于大部分企业和职工，综合计算工时制度则是以周、月、季、年等较长周期来综合计算工作时间，允许在一定周期内平均分配工作时间，适应某些行业特殊工作性质的需求。
2、适用条件：标准工作时间制度是普遍实行的基本工时制度，适用于广大企业和员工，而综合计算工时制度通常适用于因生产特点不能实行标准工时制的企业，如建筑业、交通运输业等，其工作时长的波动性较大，需灵活安排工作时间以满足生产任务的需要。
3、灵活性与限制：标准工作时间制度对每日和每周的工作时长有严格规定，用人单位不得擅自延长劳动者工作时间，除非特殊情况并按照国家有关规定执行，综合计算工时制度则提供了更大的灵活性，企业可以根据生产需要和工作情况合理安排工作时间，但必须保证员工的平均日工作时间和平均周工作时间不超过法定标准工作时间。
标准工作时间制度和综合计算工时制度在计算周期等方面有所不同，标准工作时间制度适用于常规工作环境，强调每日和每周工作时长的固定性；而综合计算工时制度则为特定行业提供了更为灵活的工作时间安排方式，以满足不同生产周期的需求。
