全民所有制企业与国有独资企业都是我国经济体系中重要的组成部分，它们在法律依据、管理体系和治理结构等方面存在区别，具体分析如下：
1、法律依据
全民所有制企业：遵循《企业法》，企业财产属于全民所有，国家依照所有权和经营权分离的原则授予企业经营管理权。
国有独资企业：遵循《公司法》，是一种特殊的有限责任公司，其股东只有国家，由国务院或地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责。
2、管理体系
全民所有制企业：隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长（经理）负责制，注重行政隶属关系。
国有独资企业：以资产为纽带的现代产权制度为指引，建立明确的现代国有产权管理体系，更加注重市场化运作。
3、治理结构
全民所有制企业：治理结构中的“老三会”是指党委会、工会、职代会，体现了传统企业制度中的政治特色。
国有独资企业：“新三会”是指股东会、董事会、监事会，是公司制企业治理机构的主体框架，体现了现代企业制度的要求。
4、管理者角色
全民所有制企业：厂长（经理）是上级任命的，是企业的法定代表人，处于中心地位。
国有独资企业：总经理由董事会聘任，对董事会负责，根据董事会的决策进行日常经营管理工作，是一种聘用关系。
5、员工关系
全民所有制企业：职工作为全民的一部分，理论上是企业的主人，因此不存在与企业签订劳动合同的情况。
国有独资企业：职工需要与企业签订劳动合同，确立了雇佣劳动关系。
6、经营自主性
全民所有制企业：由于隶属于政府，其经营决策往往受到较多的行政干预。
国有独资企业：虽然最终控制人为国家，但由于采用公司制形式，其经营决策相对更加独立和市场化。
7、改革方向
全民所有制企业：随着国企改革的深入，许多全民所有制企业改制为国有独资企业或国有控股企业，以提高效率和市场竞争力。
国有独资企业：作为国企改革的产物，国有独资企业在保持国有资本控制的同时，更注重引入市场化机制和提高管理效率。
8、优势劣势
全民所有制企业：优势在于能够集中资源进行大规模投资和建设，劣势在于可能存在效率低下和管理僵化的问题。
国有独资企业：优势在于结合了国有企业的稳定性和公司制的灵活性，劣势在于可能面临市场竞争和创新压力。
国有独资企业相对于全民所有制企业在法律地位、管理体系、治理结构以及市场化程度上都显示出更多的现代企业特征，这有助于提高其运营效率和市场竞争力，全民所有制企业在特定领域和时期内仍发挥着不可替代的作用，特别是在涉及国家安全和国民经济命脉的行业中。
