全国人民代表大会有权决定特别行政区的设立。
《中华人民共和国宪法》第三十一条规定，国家在必要时可以设立特别行政区，并在特别行政区内实行的制度按照具体情况由法律规定，这一规定为特别行政区的设立提供了法律基础，全国人民代表大会作为最高国家权力机关，拥有制定和修改宪法的权力，以及监督宪法的实施，关于特别行政区的设立及其制度的确定，必须经过全国人民代表大会的决定和批准。
特别行政区享有高度自治权，包括行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权，这些权利的授予和行使，都需要依据全国人民代表大会制定的基本法进行，香港特别行政区和澳门特别行政区分别根据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》运作，这些基本法均由全国人民代表大会制定。
