新增建设用地有偿使用费的收缴方式包括由市、县财政部门通过国家金库进行调库处理，并填写“更正（调库）通知书”，具体步骤如下：
1、市、县财政部门办理缴纳手续时需填写一份六联的“更正（调库）通知书”，其中第一联由市县财政部门留存备查，第二至第六联送交国库。
2、国库办理调库手续后，将加盖业务转讫章的第四、五、六联“更正（调库）通知书”退回同级财政部门。
3、市、县财政部门收到第四联“更正（调库）通知书”后，将其送财政部驻当地财政监察专员办事处；第五联送国土资源部或省级国土资源行政主管部门；第六联则作为记账凭证留存本单位。
4、国土资源部和省级国土资源行政主管部门在收到足额缴纳土地有偿使用费的有效凭证后，依法办理用地批准文件。
关于新增建设用地有偿使用费的使用管理有一系列规定，主要包括以下几个方面：
1、征收范围：新增建设用地为农用地和未利用地转为建设用地，征收范围包括城市、建制镇、村庄和集镇的建设用地范围内的新增建设用地等。
2、分成管理：新增建设用地土地有偿使用费征收标准提高后，实行中央与地方30∶70的分成体制，地方分成的部分，一律全额缴入省级国库。
3、收缴管理：新增建设用地土地有偿使用费由国土资源部门和各省、自治区、直辖市国土资源管理部门在办理用地审批手续时负责征收，由财政部门负责征收管理，由财政部驻各省、自治区、直辖市财政监察专员办事处以及省级财政部门共同负责监督解缴。
4、违规行为处罚：严禁任何地区、部门、单位和个人减免、缓缴、挤占、截留和挪用新增建设用地土地有偿使用费，对于不履行收费职责、应收不收、未按规定及时足额入库的行为，要依照法律和有关规定严肃处理，并追究相关人员责任。
这些措施旨在确保新增建设用地有偿使用费的规范收缴和使用，促进土地资源的合理利用和耕地保护。
