公务交通补贴在个人所得税中的扣除方式，主要遵循国家税务总局的相关规定。
1、扣除标准：个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税，公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
2、扣除方式：按月发放的公务交通补贴，应并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；不按月发放的，则分解到所属月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。
3、具体地区规定：不同地区对公务交通补贴的扣除标准可能有所不同，陕西省对企业董事、总经理、副总经理等企业高层管理者每人每月可扣除1690元，中层管理者每人每月可扣除1040元，其他人员每人每月可扣除650元，广西壮族自治区则规定，厅级每人每月可扣除1950元，处级每人每月可扣除1200元，科级每人每月可扣除750元，科员及以下每人每月可扣除650元。
4、纳税申报：个人取得的公务交通补贴应并入工资薪金收入，扣缴义务人在预扣预缴个人所得税时，应在《个人所得税扣缴申报表》中填写到“其他扣除”项，按不超过规定的标准据实税前扣除，并在备注栏注明“公务交通补贴”。
需要注意的是，以上信息仅供参考，具体扣除标准和方式可能因地区和政策变化而有所不同，在实际操作中，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取最准确的信息，对于超出规定标准的部分，应按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。
