《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》包含的保护措施主要包括以下几个方面：
1、资源调查与档案建立：国务院渔业行政主管部门及省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门应定期组织水生野生动物资源调查，以建立资源档案，这为制定水生野生动物资源保护发展规划和调整国家及地方重点保护水生野生动物名录提供了依据。
2、生存环境改善与资源增殖：渔业行政主管部门需组织社会力量，采取有效措施维护和改善水生野生动物的生存环境，保护并增殖其资源，同时禁止任何单位或个人破坏国家重点保护及地方重点保护的水生野生动物的生息繁衍水域、场所和生存条件。
3、紧急救护机制：任何单位和个人在发现受伤、搁浅或因误入港湾、河汊而被困的水生野生动物时，应及时报告当地渔业行政主管部门或其所属的渔政监督管理机构，由其采取紧急救护措施，捕捞作业时误捕水生野生动物的，应当立即无条件放生。
4、补偿机制：对于因保护国家重点保护和地方重点保护的水生野生动物而受到损失的个人或单位，可以向当地人民政府渔业行政主管部门提出补偿要求，经调查属实且确实需要补偿的，由当地人民政府按照相关规定给予补偿。
5、自然保护区划定：国务院渔业行政主管部门和省、自治区、直辖市人民政府应在国家重点保护和地方重点保护的水生野生动物的主要生息繁衍地区和水域划定自然保护区，以加强对这些水生野生动物及其生存环境的保护管理。
6、特许捕捉证制度：禁止捕捉、杀害国家重点保护的水生野生动物，确需捕捉国家重点保护的水生野生动物的，必须申请特许捕捉证，并严格按照规定的种类、数量、地点、期限、工具和方法进行捕捉，以防止误伤水生野生动物或破坏其生存环境。
7、科研与教学支持：县级以上各级人民政府及其有关主管部门应鼓励、支持科研单位、教学单位开展水生野生动物科学研究工作，外国人在中国境内进行有关水生野生动物科学考察等活动，必须经相关渔业行政主管部门批准。
8、驯养繁殖管理：驯养繁殖国家一级保护水生野生动物的，需持有国务院渔业行政主管部门核发的驯养繁殖许可证；驯养繁殖国家二级保护水生野生动物的，需持有省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门核发的驯养繁殖许可证。
9、经营利用监管：禁止出售、收购国家重点保护的水生野生动物或其产品，因特殊情况需要出售、收购、利用国家一级保护水生野生动物或其产品的，必须报国务院渔业行政主管部门批准；需要出售、收购、利用国家二级保护水生野生动物或其产品的，必须报省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门批准。
10、监督检查：渔业行政主管部门及其所属的渔政监督管理机构有权对《野生动物保护法》和本条例的实施情况进行监督检查，被检查的单位和个人应给予配合。
《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》通过多个方面的规定，形成了一套较为完善的水生野生动物保护体系，这些措施的实施，旨在确保水生野生动物资源的可持续利用和生物多样性的有效保护。
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