城镇合作医疗和农村合作医疗在多个方面存在显著的区别，主要体现在以下几个方面：
1、参保对象
农村合作医疗：主要针对具有农业户口的居民，参保对象主要是农民，且通常需要以家庭为单位整户参加。
城镇合作医疗：面向城镇户籍的非从业居民，包括未成年人、无业居民等，参保对象主要是城镇居民，尤其是那些没有正式工作的人群。
2、筹资模式
农村合作医疗：采用个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金，缴费标准相对较低，每年大约为100元至500元不等，具体金额根据地区经济条件而定。
城镇合作医疗：筹资模式主要为居民个人缴费为主，政府给予适度补助，缴费标准相对较高，成年其他非从业居民的个人缴纳费用（330元）略高于农村居民。
3、报销比例
农村合作医疗：自2013年起，政策范围内住院费用报销比例提高到75%左右，报销比例在不同级别的医院有所不同，例如北京地区三级医院的住院报销比例可达90%。
城镇合作医疗：报销比例约为55%-65%，相比农村合作医疗略低。
4、管理部门
农村合作医疗：多由卫生部门管理，侧重于农村居民的基本医疗保障。
城镇合作医疗：主要由人社部门管理，更注重城镇居民的医疗保险需求。
城镇合作医疗和农村合作医疗在参保对象、筹资模式、报销比例以及管理部门等方面均存在明显差异，这些差异反映了两者在设计上的不同侧重点，旨在更好地满足各自目标群体的医疗保障需求。
